某基层工会对行政补助收入科目中本期发生额为50000元的专项经费补助作期末结转处理。根据《工会会计制度》规定，年末结转工会资金结转科目余额时，应该借记工会资金结转——本年收支结转50000元，贷记工会资金结转——累计结转50000元。